La Subdirección Nacional de Museos coordina 24 museos regionales y especializados entre las regiones de Antofagasta y de Magallanes y la Antártica chilena.
Museos zona norte. Seis museos se distribuyen entre Antofagasta y Ovalle.
Museos zona centro. Nueve museos se encuentran en Chile continental y uno en Rapa Nui.
Museos zona sur. El área cuenta con ocho museos, incluyendo el más austral del mundo.