La Subdirección Nacional de Museos tiene entre sus funciones más relevantes, por medio de sus distintas áreas de trabajo, el generar y estudiar nuevos programas, propuestas, proyectos y actividades para los museos; analizar los procesos para optimizar la administración de los recursos humanos y financieros; promover la definición de la misión de cada museo, fomentando la formalización de un plan estratégico sostenible en el tiempo, y favorecer la autonomía administrativa y financiera de los museos.
Se ha planteado como objetivos estratégicos el promover la inserción de los museos en sus comunidades locales y su reconocimiento en el ámbito nacional e internacional, para que así se sitúen como entidades de servicio público singulares y relevantes. Al mismo tiempo, busca fortalecer el rol educativo de los museos, diseñar y proponer políticas públicas para estos y estimular su organización por medio de coordinaciones regionales. Junto con esto, procura la implementación de una red nacional y apunta a estimular y asesorar la creación y el mejoramiento de las exhibiciones permanentes y temporales mediante proyectos multidisciplinarios integrales, además de fortalecer el desarrollo de las colecciones museales, gestionando su incremento, depuración, administración, documentación y conservación.
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